La prison de Carandiru, à São Paulo, est la plus grande d'Amérique latine. Dans cet endroit surpeuplé et délabré, un célèbre médecin doit mener un programme de prévention contre le sida. Habitué à la médecine haut de gamme, il va devoir apprendre à se débrouiller en se fiant à son instinct. Peu à peu, il découvre les détenus, leur monde à part, leur humanité et leur fabuleuse envie de vivre. A force de contacts et de temps, il gagne leur respect et partage leurs secrets.
A travers son regard, c'est toute la tragédie sociale d'un pays qui se révèle, jusqu'au jour du terrible massacre de Carandiru...