Dans ce film, nos tortues préférées se retrouvent plongées au coeur du Japon du 17ème siècle. En effet, la journaliste April O'Neil montre aux quatre amis un mystérieux sceptre qu'elle vient d'acquérir. Mais lorsqu'elle commence à lire le texte inscrit sur le sceptre, elle est soudainement envoyée dans le passé et se retrouve au Japon. Les quatre héros n'ont d'autre choix que d'aller porter secours à April. Dans cette aventure super captivante, les Tortues Ninja devront vaincre l'ignoble souverain Norinaga afin de récupérer le sceptre et de pouvoir ensuite rentrer à New York.