La saison 2 voit se prolonger l'installation de la Fédération sur la station spatiale Deep Space Nine. Toujours sous les ordres du commandant Sisko, auquel se sont adjoints le chef ingénieur Miles O'Brien et la Bajorane Kira Neys, DS9 continue d'être une place stratégique convoitée par de nombreux ennemis, en particulier les Cardassiens. Alors que les rapports humains s'assouplissent et que les amitiés remplacent les défiances de la première saison, l'équipage va connaître de nombreuses et sensationnelles aventures qui mettront à rude épreuve leur sens du devoir et de la communauté.