Au fil de sa recherche incessante de la Cité Perdue des Anciens, Stargate Command découvre un nouveau monde: la cité légendaire d'Atlantis. Ce nouveau monde regorge non seulement de technologies innovantes et d'alliés mais il héberge également un nouvel ennemi mortel! Tandis que les membres de l'équipe vont de découverte en découverte, il s'avère qu'ils n'ont plus assez de force pour rentrer chez eux. Tout porte à croire que leur voyage à Atlantis sera bien différent d'une simple petite visite...