1 an après les événements du film, la porte des étoiles est ouverte par des aliens qui attaquent les sentinelles. Le haut commandement militaire dêpèche une équipe vers Abidos, la planète où vit Daniel Jackson. Les extra-terrestres kidnappent la femme de Daniel. Ce dernier et les militaires se lançent à leur poursuite. Ils découvrent que la technologie de la porte des étoiles couvre la galaxie entière et que les aliens - les Goa'uld - sont les ennemis jurés de l'humanité. Le Président des USA décide de constituer des équipes d'explorateurs pour silloner la galaxie. La première d'entre-elles s'appelle SG1...